无菌室一般是在微生物实验室内专辟一个小房间。面积不宜过大，约5—10平方米即可，高2.5米左右。无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都应该密闭。室内装备的换气设备应该有空气过滤装置。
1、菌室应该有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20—24℃，湿度保持在45—60%。超净台洁净度应达到100级。
2、无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3、防**灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4、无菌室应备有工作浓度消毒液，5%的甲酚溶液，70%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液等等。
5、无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保障无菌室的洁净度符合要求。
6、要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等**物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。
7、作人员进入无菌室前，应该用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套，方可进入无菌室进行操作。
8、菌室使用前应该打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同事打开空调系统进行吹风，操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌20分钟。
9、试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用70%的酒精棉球消毒外表面。
10、作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。
11、菌液时，应该用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。
12、针每次使用前后，应该通过火焰灭菌，待冷却后，方可接种培养物。
13、菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的消毒桶内消毒，24小时后取出冲洗。
14、液洒在桌上或地上，应立即用5%石炭酸溶液或3%的来苏尔倾覆在被污染处至少30分钟，再做处理。工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽灭菌后洗涤。
15、有活菌的物品，应该经消毒后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。
16、室应每月检查菌落数。在超净工作台开启的状态下，取内径90mm的无菌培养皿若干，无菌操作分别融化并冷却至约45℃的营养琼脂培养基约15ml,放至凝固后，倒置于30—35培养箱培养48小时，证明无菌后，取平板3~5个，分别放置工作位置的左中右等处，开盖暴露30分钟后，倒置于30—35培养箱培养48小时，取出检查。100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落。
